A CoQ10-kiegészítés az energiaszint növekedésével jár. Az energiaszintet növelő egyéb kiegészítőkhöz hasonlóan a CoQ10-felhasználók is számoltak be olyan mellékhatásokról, mint enyhe gyomorpanaszok, fejfájás, idegesség vagy „drótos” érzés, valamint enyhe álmatlanság. Egyéb, ritkábban jelentett mellékhatások közé tartozik a szívdobogás, a szorongás, a szédülés, az ingerlékenység és ritkán a kiütések. Napi 300 mg vagy több CoQ10 hosszú távú pótlása esetén megnövekedett májenzimszinteket észleltek, de ez nem jár májtoxicitással.

Tanulmányok kimutatták, hogy a CoQ10 akár 30 hónapig is biztonságosan alkalmazható. A CoQ10 leggyakoribb mellékhatásai közé tartozik az álmatlanság, a májenzimek emelkedése, a szédülés, a fejfájás és a gyomorégés. Ha Ön warfarint (véralvadásgátlót) szed, nem ajánlott a CoQ10 szedése, mivel a CoQ10 csökkentheti a warfarin hatékonyságát. A CoQ10-et terhes vagy szoptató nők nem használhatják.